Linux存在的安全漏洞大部分是可以堵住的，但是傳統和習慣的操作方式卻使它們完全洞開。其實你可以在5分鐘之內完成百分之九十的保護。提高Linux系統的安全性的主要措施有如下幾點：
1. 取消不必要的服務
一般來說，除了Http、SMTP、Telnet和FTP之外，其他服務都應該取消，諸如簡單文件傳輸協議TFTP、網路郵件存儲及接收所用的IMAP/IPOP傳輸協議、尋找和搜索資料用的gopher、用於時間同步的daytime和time等以及報告系統狀態的服務，如finger、efinger、systat和netstat等。
2. 加密用戶登錄密碼並設定用戶賬號安全等級
雖然Linux對用戶登錄密碼加密存放，但仍然不太安全。比較安全的方法是設定影子文件，只允許有特殊許可權的用戶閱讀該文件。很多Linux系統都帶有Linux的插入式驗證模塊工具程序PAM，它是一種身份驗證機制，可以用來動態地改變身份驗證的方法和要求。
在Linux上每個賬號可以被賦予不同的許可權，而黑客最喜歡具有root許可權的用戶賬號，這種超級用戶有權修改或刪除各種系統設置，可以在系統中暢行無阻。因此，在給任何賬號賦予root許可權之前，都必須仔細考慮。
3. 消除黑客犯罪的溫床
在Unix系統中，有一系列r字頭的公用程序，它們是黑客用以入侵的武器，非常危險，因此絕對不要將root賬號開放給這些公用程序。很多像PAM的安全工具都是針對這一安全漏洞而設計的。
4. 增強安全防護工具
SSL是安全套接層的簡稱，它是可以安全地用來取代rlogin、rsh和rcp等公用程序的一套程序組。SSL採用公開密鑰技術對網路上兩台主機之間的通信信息加密，並且用其密鑰充當身份驗證的工具。
5. 常抓不懈，共同防禦
從計算機安全的角度看，世界上沒有絕對密不透風、百分之百安全的計算機系統，Linux系統也不例外。採用以上的安全守則，雖然可以使Linux系統的安全性大大提高，使順手牽羊型的黑客和電腦玩家不能輕易闖入，但卻不一定能阻擋那些身懷絕技的高手，因此Linux系統管理員應該經常光顧在Internet上的安全新聞組，查閱新的修補程序，保持最新的系統核心，同時還要經常提高警惕，隨時注意各種可疑狀況，並且按時檢查各種系統日誌文件，包括一般信息日誌、網路連接日誌、文件傳輸日誌以及用戶登錄日誌等，追蹤黑客的蹤跡。此外，企業用戶還需要藉助防火牆等其他安全工具，共同防禦黑客入侵，才能確保系統萬無一失。
Linux作為開放式操作系統，儘管不可避免地存在缺陷，但這屬於前進中的插曲，並不能阻擋Linux強大的發展勢頭和美好的未來前景，Linux還是值得大力推廣的。
